משנה: ששה סדרי משנה עם שינויי נוסחאות מתוך כתבי-היד של המשנה ודפוסים ראשונים, עם השוואות מתוך הבאות מהמשנה מכל ספרי חז”ל, גאונים וראשונים עם מראי- מקומות, ציונים והערות ועם פירוש הרע”ב בהשוואה לכתבי-יד ודפוס”ר, נבדקו, נסדרו ונערכו בצרוף מבואות ומפתחות, בעריכת הרב ניסן זק”ש, ירושלים, תשל”ב-תשל”ו.

גולדברג, אברהם, פירוש למשנה מסכת שבת: נוסח כ”י קויפמן ונוסח דפוס ראשון, רנ”ב, עם שינויי נוסחאות מכתבי יד עתיקים, דפוסים ראשונים וקטעי גניזה, בצירוף מבוא והערות, ירושלים, תשל”ו.

גולדברג, אברהם, פירוש למשנה מסכת ערובין: נוסח כ”י קויפמן ונוסח דפוס ראשון, רנ”ב, עם שינויי נוסחאות מכתבי יד עתיקים, דפוסים ראשונים וקטעי גניזה, בצירוף מבוא והערות, ירושלים, תשמ”ו.

‫פינצ’ובר, אליעזר, משנה מסכת שקלים: בעיות נוסח ומהדורה ביקורתית, חיבור לשם קבלת תואר דוקטור לפילוסופיה, ירושלים, תשנ”ח.

רוזנברג, יהושע, משנה “כיפורים”: מהדורה ביקורתית, בצירוף מבוא, חיבור לשם קבלת תואר דוקטור לפילוסופיה, ירושלים, תשנ”ה.

פוקס, צבי, מהדורה ביקורתית של משניות מסכת סוכה עם מבוא והערות, חיבור לשם קבלת תואר דוקטור לפילוסופיה,  ירושלים, תשל”ט.

מסכת יבמות: עם שינויי נוסחאות מתוך כתבי היד של התלמוד ועם השוואות להבאות מהגמרא בחז”ל, גאונים וראשונים, חברי המכון התלמוד הישראלי השלם, והרב אברהם ליס, ירושלים, תשמ”ג-תשנ”ו.

מסכת כתובות: עם שינוי נוסחאות מכתבי-יד של התלמוד ועם השוואות להבאות מהגמרא בחז”ל, גאונים וראשונים ועם מסורת הש”ס השלם, חברי מכון התלמוד הישראלי השלם ומשה הרשלר, ירושלים, תשל”ב-תשל”ז.

בנטוב, חיים, משנת מסכת כתובות: מתוך כת”י קופמן, עם שינויי נוסחאות על פי כתבי יד וקטעי גניזה, חיבור לשם קבלת תואר דוקטור לפילוסופיה, תשמ”ב.

מסכת נדרים: עם שינויי נוסחאות מתוך כתבי היד של התלמוד ועם השוואות להבאות מהגמרא בחז”ל, גאונים וראשונים, משה הרשלר, ירושלים, תשמ”ה-תשנ”א.

מסכת סוטה: עם שינויי נוסחאות מתוך כתבי היד של התלמוד ועם השוואות להבאות מהגמרא בחז”ל, גאונים וראשונים, חברי מכון התלמוד הישראלי השלם, הרב ח”ד שעוועל, והרב אברהם ליס. ירושלים, תשל”ז-תשל”ט.

 מסכת גיטין: עם שינויי נוסחאות מתוך כתבי-היד של התלמוד ועם השוואות להבאות מהגמרא בחז”ל, גאונים וראשונים ועם שינויי נוסחאות לרש”י ע”פ כתבי-יד ודפוסים ראשונים , חברי מכון התלמוד הישראלי השלם, הרב הלל פרוש, משה הרשלר, והרב צבי שפירא. ירושלים, תש”ס-תש”ע.

‫ רוזנטל, דוד, משנה עבודה זרה :מהדורה ביקורתית, בצירוף מבוא, חיבור לשם קבלת תואר דוקטור לפילוסופיה, תשמ”א.

שטולברג, אריה, משניות מסכת הוריות: מהדורה בקורתית עם חילופי נוסחאות, עבודת גמר בחוג לתלמוד, ירושלים, תשל”ח.

קרופ, מיכאל, מסכת ערכין: מהדורה מדעית על ידי המחשב, הילדסהיים, תשל”ז.

גולדברג, אברהם, מסכת אהלות: מהדורה מדעית על פי כתבי יד, דפוסים קדומים ונוסחאות הראשונים עם פירוש ומבוא, ירושלים, תשט”ו.

פורסטנברג, יאיר אכילה בטהרה בתקופת התנאים: מסכת טהרות והקשריה ההיסטוריים והתרבותיים, חיבור לשם קבלת תואר דוקטור לפילוסופיה, ירושלים, תשע”א.

מיטשם, תרצה, משנת מסכת נידה עם מבוא מהדורה ביקורתית עם הערות בנוסח, בפרשנות ובעריכה ופרקים בתולדות ההלכה ובריאליה, חיבור לשם קבלת תואר דוקטור לפילוסופיה, ירושלים, תשמ”ט.